Movable Type 3 から5を経て6へアップグレードしたが、正しく閲覧できるか検証したところ、トップページの記事一覧から、個別のエントリーに遷移できないことが判明。
再構築以外の不具合を修正
アーカイブ設定の修復
トップページのテンプレートに<MTEntryPermalink>タグを使って個別の記事のページへのリンクを出力するようにしてあるのだが出力されたリンク先はトップページのURLになっている。
これは、「優先アーカイブタイプ」が設定されていないことが原因。アップグレード前は正しく設定されていたんだが？
管理画面から「設定」－「全般」（①）を選択し
下方向へスクロールしていくと「アーカイブ設定」があるが、そこの「優先アーカイブタイプ」に「記事」が指定されていなければならないのだが、「有効なアーカイブがありません」（②）ときた。
この「有効なアーカイブがありません」の部分にポップアップして選択できるアーカイブ名が表示されるようになっていないといけない。
そのためには「デザイン」－「テンプレート」（③）で「エントリー・アーカイブ」（④）を選択して、
下の方にスクロールしていくと、「アーカイブマッピングが見つかりません。」（⑤）と表示されてるはずなので、「新しいアーカイブマッピングを作成」（⑥）をクリックする。
「パス」（⑦）を選んで「変更を保存」（⑧）してやれば、
「アーカイブ設定」で「記事」が選択できる（⑨）ようになるのでこれを選んで「変更を保存」すればいい。
変更を保存したら再構築で解決。